Stasiun Meteorologi Kelas I Juanda dipimpin oleh Kepala Stasiun, dan terdiri atas :
a. Sub Bagian Tata Usaha, dipimpin oleh Kepala Sub Bagian Tata Usaha
b. Seksi Observasi, dipimpin oleh Kepala Seksi Observasi
c. Seksi Data dan Informasi, dipimpin oleh Kepala Seksi Data dan Informasi
d. Kelompok jabatan fungsional